改组国民党一党独占政府亦在政协会议中有激烈的争论。国民党提议改组国民政府为政治最高指导机关，职权为议决法律、施政方针、军政大计、财政计划等事项，遇有紧急情况时主席得为权宜处置；国民政府增加1/3的委员，并得由主席提名党外人士担任，国民党委员应占特定多数；部会长官任命权属行政院，并在行政院增设若干政务委员。按国民党的解释，这是交出一权即最高决策权，保留一权即用人权。实际上，国府委员会自1931年以后即未曾开会，早已徒具形式，今国民党以改组国府委员会、容纳其他党派人士作为应付外界对其一党专政批评的手段，但如没有用人权，则不啻仍为一种形式，无法保证其决策的有效实施，而无限制的主席紧急处置权则为个人独裁大开方便之门。这一方案被中共批评为：“把现在已经动摇的一党专政，经过三个多月的临时的‘扩大的’一党专政，最后过渡到完全合法的‘宪政’式的一党专政。总之，变来变去，还是一个一党专政。”中共中央指示周恩来，不接受国民党改组政府的方案，在改组政府未获协议前，对国大问题绝不让步，并应表示非有广泛代议制政府则军队无法统一。中共和民盟共同主张，国民政府要有用人权，主席不能有紧急处置权；任命国府委员不能经由国民党中央通过。经过激烈的争论与讨价还价，最后国民党为了保留其旧国大代表的资格，在改组政府问题上亦作出重要让步。会议通过的《政府组织案》规定，国民政府成为负有实际政治权力的最高国务机关，除决策权外，还有任免各部会长官之用人权；主席和行政院对国民政府负责，行政院政务委员及部长均将任命若干国民党外人士出任；取消主席紧急处置权，主席如认为国府决议执行困难，得提交复议，如有3/5以上委员同意，该案应予执行；各党派自行提名其国府委员，由主席选任；国民政府委员名额为40人，其中国民党占半数，并担任主席和五院院长，其他方面合占另外半数，具体名额分配留待以后再商；凡关系到变更施政纲领的决议，须有2/3以上委员的同意。国民党外国府委员的具体名额分配未能于此时解决，为改组政府的实施留下了隐患，因为各方在会后对名额分配的理解不同、意见不一，最终导致政府改组的难产。