再来说说恐惧的高层次路径。低层次路径启动是“以防万一”，而高层次路径则会考虑所有的可能，会判断是夜贼还是风。经过一系列复杂而迅速的处理之后，高层次路径会对可能的危险评级，做出最终的判断。这通常会花费一两秒钟的时间，比低层次的路径慢一些。所以你往往是先害怕了之后，再反应过来是怎么回事。
无论哪条路径，最终都关联着“对抗或者逃避”这一古老生存反应。当害怕出现的时候，身体内有两个系统被激活了，交感神经系统和肾上腺皮质系统。交感神经系统使用神经通路来启动身体当中的反应，肾上腺皮质系统则使用血流，这两个系统的组合作用就产生了对抗或逃避反应，我们的所有技能瞬间提升。当下丘脑感知到交感神经系统启动的时候，身体器官运行加速，肌肉紧绷，变得非常警觉，肾上腺素、甲肾上腺素和数十种其他激素会导致身体发生各种各样的变化，包括心率加快、血压升高、瞳孔放大（为了让我们在黑暗中获取更多的光线）、血管收缩（向主要的肌肉群输送更多血液，这也解释了为什么我们在恐惧的时候往往伴随着一阵寒意，因为皮肤当中没有足够的血液来保暖了）、血糖升高、肌肉绷紧（因为肾上腺素和葡萄糖而充满力量，这就是在害怕的时候会起鸡皮疙瘩的原因，当和皮肤表面每根汗毛相连的小肌肉收紧，会连带着收紧皮肤，使汗毛竖起来）。