再加上东汉不断和羌族统治者发生战争，耗费几百亿钱财，负担也都落在百姓身上。人民不堪这种惨重的经济剥削和黑暗的政治压迫，纷纷起来反抗。从安帝时开始，各地大小规模不等的起义，就已陆续爆发，而且此起彼伏，散而复聚。“发如韭，剪复生；头如鸡，割复鸣；吏不必畏，小民从来不可轻。”这支表现人民坚强不屈的、充满革命气概的民谣在到处流传。全国在酝酿着一次更大规模的革命风暴。灵帝时，修建宫殿，加重赋敛，卖官卖爵，吏治更加败坏，剥削更加残酷，人民实在忍无可忍，终于，在中平元年（184），波澜壮阔的黄巾大起义爆发了。
起义军以黄巾包头，称为“黄巾军”。他们在张角、张宝兄弟的领导下，焚烧官府，捕杀贪官污吏，打击地主豪强，声势浩大，革命的火焰迅速燃遍了广大地区。后来，虽然起义各部都被东汉政府和地方豪强的联合武装镇压下去，然而东汉的统治经过这次暴风式的革命力量的打击，也到了奄奄一息的地步。
黄巾起义是中国历史上第一次利用宗教组织的农民大起义。起义军利用太平道教作为组织起义的工具，并且提出了要求政治平等、财富平均的“太平”理想。起义失败后，道教向两极分化：一部分上升变成为封建统治阶级麻痹人民、维护其统治秩序的有力工具；另一部分则仍旧与农民群众相结合，成为组织农民暴动、宣传革命思想的武器。太平道的革命思想，成为后代农民起义“等贵贱，均贫富”思想的渊源。